وأما منهج التحقيق فقام على ضبط النص والتقديم له ومقابلة أقواله مع أقرانه ، عرضا وتحليلا ومقارنة ، وختمت له بجملة من الفهارس تعين على سهولة البحث فيه . معتمدا في تحقيق كتاب « تفسير غريب القرآن » هذا على مخطوطتين وهما : 1 - نسخة مكتبة الرباط بالمغرب ، رقم 2018 كتاني ، 103 صفحات ، 25 سطرا ، خط نسخي معتاد ، تاريخ النسخ 6 رمضان سنة 1039 ه / 1639 م . 2 - نسخة المكتبة الأزهرية بالقاهرة رقم 279 ، 64 ورقة ، 17 سطرا ، 18 14 سم ، خط معتاد ، نسخه أحمد بن إبراهيم الخطابي الشافعي تاريخ النسخ سنة 869 ه / 1464 م . وفيها نقص كثير وتلف أفقدها ثلاث صفحات منها . وقد جعلت نسخة مكتبة الرباط أصلا بالرغم من تاريخ نسخها المتأخر ، لوضوحها واكتمال نصها . وجاء في آخرها عبارة : « قوبل » من الأصل المنتسخ منه والحمد للّه وكفى » مما يدل على أنها منسوخة من نسخة أقدم منها ومصححة عليها ، فاكتسبت قيمتها مع فقدان أصلها . ورمزت لها بكلمة « الأصل » . وجعلت نسخة المكتبة الأزهرية فرعا ، مع قرب تاريخ نسخها من وفاة المؤلف ، للنقص الكثير في مادتها ، ولما وقع فيها من تلف أفقدها ثلاث صفحات من الورقة 16 و 17 وبالتحديد الصفحات : 16 ب ، 17 أ ، 17 ب . ورمزت لها ب « ز » . وقد اعتمدت في التحقيق ما يلي : 1 - إثبات ما ورد في الأصل ، مع تصحيح ما وقع فيه من تصحيف والإشارة إليه في الحاشية . 2 - إضافة ما ورد في النسخة الأزهرية من زيادات مع الإشارة إليها . 3 - وردت الكلمة الغريبة في نسخة مكتبة الرباط ضمن معظم الآية القرآنية الكريمة ، ومصدرة بكلمة « قوله » في معظم المواضع من الصفحات